Category: Türkçe
Uzun bir aradan sonra gelişmelerden bahsedeyim sizlere... Kadir Hastaki kısmetse son dönemimi sürdürmekteyim. Almam gereken ders sayısını tamamladım, sadece tezim kaldı geriye.
Yüksek lisans tezimi oluşturacak olan projemiz Robinviz‘i, Oxford Bioinformatics dergisine göndermiştik. Önce birtakım değişiklikler, iyileştirmeler istediler. Bir hayli uğraşarak, makaleyi 2 sayfadan destek metinleriyle birlikte 30 sayfaya çıkardık ve tekrar gönderdik. Bu sefer kabul edildi. Proje, önceki konferans makalemizden bu yana bir hayli değişim gösterdi Son istatistiklere göre kütüphaneler hariç 14.000 satıra yakın Python kodu yazmışım. Pythonla yaptığım işler arayüz, veri indirme, parçalama, tümleştirme, analizi, görselleştirmesi tarzı işler. Proje arkadaşım Melihin ise kütüphanelerle birlikte 27000 satır kadar C/C++ kodu var. Bu kodlarla da bilimsel hesabın çoğu hallediliyor. İleride eklemeler yapacak olsak da büyük ölçüde sona yaklaştık gibi. Şimdi ise biyoinformatikle alakalı yeni fikirler peşinden koşmaktayız. Bir süre daha araştırmaca yaptıktan sonra tezime girişmeyi düşünüyorum.
Araştırmaya ek olarak tez hocamın bu dönem açtığı Hesaplamalı Biyolojiye Giriş dersinde öğrencilere 4 hafta birer saat olmak üzere Python anlattım. Biyoinformatik alanında Pythonun yaygınca kullanılması ve algoritmaların kolayca kodlanabilmesi sebebiyle hocamız dil olarak Pythonu seçti. Bir de benim Pythona olan merakım ve işlerimi Pythonla hızlıca halledebiliyor olmam etkili oldu tabi. Dersi anlattıkça ödevler de verdim. 1. ödev rahat olsa da 2. ödevde biraz abartarak Pythondan nefret ettirdim gibi. Neymiş, "zaman kısıtlı, ödevi sağlam vereyim de deneye araştıra öğrensinler" diyerekten pata küte ödeve yüklenmek yanlışmış. Bunu da 3. ödevle telafi etmeye çalıştım. Dönemin geri kalanında da yazılı ödev ve proje okuma beni bekliyor sanırım.
Bir de gayriresmi olarak Engineering Optimization & Algorithms adında yüksek lisans endüstri mühendisliği dersi aldım. Güzel gidiyor. İtalyan hocadan İngilizce dilinde farklı bir bölüm olan Endüstri dersini dinlemek oldukça ilginç bir deneyim. Eğlenceli bir ders. Bir yandan da Ebru kursum devam ediyor, artık lale ve karanfil yapar hale geldik. Çok becerikli olmasam da soyut-sever ruhum sayesinde özgün şeyler çıkıyor ortaya. Her ne kadar hocam farklı şeyler denememe kızsa da.
Unutmadan not edeyim, birkaç ay önce Amazon Kindle kitap okuyucu aldım. Genel olarak hoş bir cihaz. Şarjı 1 aya yakın gidiyor. Ancak PDF dosyalarını okumak için çok kullanışlı değil gibi. En azından dikey okuyamıyorsunuz yatay okumanız lazım. Çift kolonlu makale okumak ise bir hayli zorlaşıyor. Ama roman gibi düz metin okuyorsanız kullanışlı bir cihaz. Bir eksisi kendi sayfa sistemi var, nerde olduğunuzu anlayamıyor ve kaybolabiliyorsunuz. Onu da gerçek sayfa bilgisini ekleyerek çözmeye çalıştılar. Ama yine de gerçek kitapta olduğu gibi hissel olarak "şunu şuralarda bir yerlerde okumuştum" diyerek doğrudan istediğiniz bir sayfaya gitmek mümkün değil ve bu kısıtlanmışlık etkisi uyandırıyor bende. Getting Things Done adlı kitabı satın alıp okumaya başladım ancak yarısına yaklaştıktan sonra tıkandım. İngilizce olması ve anlatılan kültürün bizimkinden farklı olması sebebiyle anlamak için yavaş ilerleyince kaybolmuşluk izlenimi verdi. Yoksa kitap gayet güzel.