Tez yazma sürecinde birçok resim bulmam gerekti. Bunların bazılarını makale ve kitaplardan bulduysam da bazılarını internet sitelerinden almak zorunda kaldım. Makale ve kitaplara referans verirken hazır bibtex formatlarını kullanıyorum ancak sitelerden aldığım resimler için bibtex kodunu kendim yazmam gerekiyordu. Ben de bir kod yazdım ve bu işi otomatik hale getirdim. Programa resim URL’ini veriyoruz, o resmi indiriyor, gerekli bilgileri sorup bibtex kaydını bib dosyasının sonuna ekliyor, Latex figürünü de ekrana basıyor. Bize de latex koduna yapıştırması kalıyor. Oldukça kullanışlı oldu. Vakit darlığından dolayı kod karışık oldu biraz ama işi görüyor şu haliyle.

emre@physics Thesis $ python pull.py
Enter the URL: http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Enter the key (default: 220_04_113): protein_structure
Directory (default: introduction):
Downloading http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Figure label (default: protein_structure-figure):
Description:Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids.

@MISC{protein_structure,
howpublished = {\url{http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png}}
}

\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.5]{images/introduction/220_04_113.png}
\centering\caption{Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids. \cite{protein_structure}}
\label{Flo:protein_structure-figure}
\end{figure}

Bugünlerde tez yazıyorum ve kullandığım yazım aracı LaTeX. LaTeX birçok konuda kolaylık sağlıyor, özellikle referans sistemi konusunda. ancak referans verecek olduğum zaman o referansa ait Bibtex bilgilerini bulup eklemem gerekiyor. Bunun için hocalarımdan aldığım öneri Google’da veya bir veritabanı motorunda makaleyi aratıp Citation kısmından Bibtexe tıklayarak gerekli bilgiyi almak. Bu her zaman kolay olmuyor ve referans vermek bir hayli baş belası olabiliyor. Bugün karşılaştığım güzel bir motor bu işi baya bir kolaylaştırıyor. Makale ismini aratınca doğrudan Bibtex linki çıkıyor. Hatta bunun için bir Firefox arama eklentisi yapmışlar. Bir hayli işime yarayacağa benziyor. Şuradan birkaç alternatife de ulaşabilirsiniz.

Bugün üniversitemde Boğaziçi Üniversitesi’nden Prof. Dr. Aslı Tolun’un verdiği “Genetik ve Biz” adlı seminere katıldım. 20 dakika geç de kalsam birtakım notlar almaya çalıştım. İçlerinde ilginç olanlar var, paylaşmak istedim. Hatalı not almış olabilirim, doğrusunu bilen varsa lütfen yorum yapsın.

• Bir genin daha etkin ya da etkisiz olmasını sağlayabiliriz.
• Mavi gözlülük bir gen bozukluğudur, gen düzgün olduğunda göz rengi kahverengidir.
• Eskiden domatesler yumuşak olurdu, sertini bulmak için uğraşırdık. Artık sert domatesler var ama 10 gün sonra çürüyor. Bunun sebebi domateslerin erken toplanıp olgunlaştırma gazı ile kızartılması.
• Obeziteyle ilgili olduğu düşünülen Leptin geni ve ürettiği Leptin proteini tespit edilmiş.  Bu protein tokluk hissi veriyormuş. Bir farenin Leptin geni üzerinde oynama (muhtemelen etkisizleştirme) yapılarak farenin obez olması sağlanmış. Sonra bu protein bir bakteri içerisinde tekrar üretilerek oluşan proteinler fareye geri verilmiş ve farenin zayıfladığı görülmüş. Tam “obeziteye çare bulduk” diye düşünürken tek başına bir obezite sebebi olmadığı anlaşılmış.
• Lazların burnunun büyük olması çevreyle alakalı olabilirmiş. Çünkü İstanbul’a yerleşen çocuklarında büyük burun görülmemekteymiş.
• Kepçe kulak sorunu, çocuk embriyo halindeyken gerçekleşen bir gelişim bozukluğunun sonucuymuş.
• Zeka genetik ve çevre koşullarıyla şekillenir. Sosyal zeka ise aile ve yetiştirme tarzıyla alakalı. Müzik kulağı ise genetik. Bunları tespit etmek için tek yumurta ikizleri üzerinde testler yapmışlar.
• Annenin testosteron hormonu yüksekse çocuğun zeki olma ihtimali daha yüksektir gibi iddialar varmış ama kanıtlanmış değil.
• Heyecanlı şeylere atılma, risk alma, kumar oynama dürtüleri genetikmiş.
• Alkol bağımlılığı genlerle alakalıymış.
• İntihara eğilim de genlerle alakalıymış.
• Hepimizde aynı genler var ama ufak tefek farklılıklar ya da bozukluklar var. Ya da kimimizin A geni çok çalışırken kimimizin az çalışıyor.
• Bir hastalıktan bahsediyordu. Gen uzunluğu çok büyükse(çok sayıda nükleotidden oluşuyorsa) bozulmaya uğrama riski daha fazla. Kadınlarda XX kromozomu olduğu için bir bozukluğu diğer kromozom tamir edebildiği için hastalık daha az çıkıyor. Ama erkeklerde XY olduğu için X’teki bir bozulma tamir edilemediği için hastalık daha sık çıkıyor. 10.000′de bir görülüyor.
• Atalarımız Afrika’da yaşıyormuş, insanlar kuzeye yöneldikçe daha az güneş ışığı aldıkları için D vitamini üretememiş ve beyazlamışlar.
• 1500$ ver, gen haritana bakayım ne hastalıklara yakalanabilirsin söyleyeyim diyen şirketler varmış. Bu tür testlere gerek yokmuş, verdiği bilgiler düşük ihtimallerle bahsediyormuş. (%3 ihtimalle şunu olabilirsin vs.)
• Zayıf kadınlarda meme kanseri riski daha azmış. 1940 öncesi yaşayanlarda daha azmış. 20′li yaşlarda zayıf olanlarda daha azmış.
• Annesi fareyi emzirmezse fare ürkek oluyormuş büyüyünce. Emzirince kimyasal eklemelerle bazı genler etkisizleştiriliyormuş. Eğer anne emzirmezse ürkeklik torunlara geçebilirmiş.
• Türk halkı Anadolu’ya özel bir genetik yapıya sahipmiş. Herkes coğrafyasındaki ırklara benziyormuş. Mesela biz Yunan ve Ermenilerle benzerlik gösteriyormuşuz. Türki Cumhuriyetlerindeki insanlardan ise farklıymışız.
• DNA bir hayli dayanıklı bir yapıymış. Ölen insanlar çürüdükten sonra kemik iliklerinde bile DNA kalıyormuş. Mezardan kimlik tespiti de bu şekilde oluyormuş.
• DNA’da düzenleyici ve kodlayıcı bölgeler varmış. Kodlayıcılar protein üretiminden sorumluyken düzenleyiciler “hangi protein ne zaman üretilecek”e karar veriyormuş.
• Kanser hastalarında Leptin geni Leptin proteini salgılatır. Bu da tokluk hissi uyandırır. Bu sebeple kanser hastaları iştahtan kesilir (Leptin proteininden daha önce bahsetmiştim).
• Bakteri içerisinde üretilen Leptin obez kişinin kanına verilirse kalıcı bir zayıflama etkisi sağlanabilirmiş. Çünkü kanda dolaşıyormuş bu protein.
• Bir yetişkinin genleri değiştirilebilir mi dış etkenlerle diye sordum, bazı (baloonlu bir şeyler söyledi ama anlayamadım) bebeklerde bunun yapılabildiğini söyledi.
• Gen tedavisinde ilik hücresi alınıp bu hücredeki bozuk gen, düzgünüyle değiştirilip tekrar yerleştiriliyormuş. Bu işlem kas ve beyin hücrelerine yapılamıyormuş.
• Bir diğer yöntem bir virüsün içerisinde düzeltilmiş DNA’yı koyup kaslara enjekte etmekmiş. Virüs kendisini kas hücrelerine yaymaya başlayacak ve vücuttaki DNA’ları düzgün DNA’larla değiştirecekmiş. Ancak kas hücrelerine yapıldığında bu kalp kaslarını da etkiliyormuş ki ölüme sebep olabiliyormuş.
• Erdal Panayırcı hocam şunu ekledi, Cep telefonu radyasyonu konusunda yapılan son çalışmalar göstermiş ki cep telefonu kullanmak beyinde ufak tefek DNA değişikliklerine sebep oluyormuş. Bu ufak tefek değişiklikler birikerek kansere yol açar mı diye sordu. Aslı Tolun ise bazı kanserlerin oluşması için 2 tümörün oluşması gerektiği ancak beyin kanseri için 16 tümörün gerektiğini söyledi. Buna rağmen uzun vadede kullanımda birikerek kansere yol açma ihtimali olabilirmiş.

 

Bu ara proje yoğunluğu sebebiyle pek yazamadım. Üzerinde çalıştığım RobinViz – Reliability Oriented Bioinformatics Networks projesini bir aksilik olmazsa yüksek lisans seminer dersi içerisinde sunacağım. Seminer dili İngilizce olacak. Katılmak isteyenleri bekleriz.

Tarih: 3 Aralık 2010 – Cuma
Saat: 14.00
Mekan: Kadir Has Üniversitesi Cibali Kampüsü – D113
Konu: Robinviz – PPI Network Visualization System

Bir süredir sitemi arkadaşım Remzi’nin slicehost VPS’inde barındırıyordum ancak ping süreleri 177 ms civarlarında olmasına rağmen sitenin bulunmasında ve yüklenmesinde ciddi sorunlar vardı. HTML/CSS bozuklukları meydana geliyordu ve tanımlayamadığım bu sorunları çözemedim. Tek bildiğim Apache’nin zaman zaman böyle şeyler yaptığı. Ben de sistem yönetimi konusunda uzman olmadığım için sunucuları Türkiye’de olan hosting firmalarını araştırmaya koyuldum ve sitemi bu firmalardan birine taşıdım. Şimdilik her şey güzel gibi. Ancak sitemin erişilemediği 2 haftalık süre içerisinde maalesef ciddi ziyaretçi kaybına uğradım. Umarım durum düzelir.

Okul da güzel ve yoğun gidiyor, Veri Madenciliği’nin 1. vizesini olduk. İşlem hatası yoksa fena geçmedi, zira 5 sayfaya yakın işlem vardı. Hesap makinesi kullanarak yaptık hepsini ancak makine kullanmaya alışkın olmayan bir birey olarak karıştırmadıysam iyidir. Sonuçları sabırsızlıkla bekliyoruz Dün okul Tiyatro ekibimizin gösterimi vardı, ona katıldım. Yıllardır tiyatroya gitmediğimi fark ettim. En son lisedeyken 2-3 yıl kendim oynamıştım Oldukça başarılı bir oyundu. Trajikomik, zaman zaman duygulandıran, zaman zaman güldüren, bol taklit, dalga geçme, mesaj gönderme unsurları içeren bir oyundu. Akşam durakta ekipten birkaç kişiyi gördüm ve tebrik ettim. Öğrendim ki haftada 3 gün, oyuna yaklaşırken ise her gün çalışıyorlarmış. Pes doğrusu. Ben de isterdim ancak o kadar vaktim yok maalesef.

Yine aynı gün Real Time and Embedded Systems konulu bir seminer vardı. Bir firmadan konuşmacı gelmiş.Gerçek zamanlı ve gömülü sistem tanımını yaptı ve geliştirme aşamalarından bahsetti. Bu alanda en büyük problem hata ayıklamaymış. Genel bir girişin ardından Windows CE 6.0 işletim sistemini tanıttı. Duyduğuma göre geliştirme lisansı $999, sistem başına $8-20 imiş. Öte yandan mikroişlemci fiyatlarının € 1 dolaylarında olduğunu öğrenip şaşkınlık yaşadım. Eğlenceli konular olmalı. Gömülü sistemler için sadece Windows CE yok tabii ki. En popüleri TinyOS olmakla birlikte sürüyle işletim sistemi var. Yazılım geliştirme için de dil çeşitliliği mevcut: Assembly/C/C++/C#/Java/Python/Tcl/Lua.

Nette gezinirken rastladığım Python’la alakalı çeşitli çalışmalar:

• http://www.nongnu.org/pyet/
• http://code.google.com/p/python-on-a-chip/
• http://www.philhassey.com/blog/2009/12/01/restricted-tinypy-to-c-compiler/
• http://code.google.com/p/shedskin/ (Python => C++ çevirici)

Diğer bir duyuru: 13 Nisan Salı 13.00′da arasında arkadaşım Erçin Dinçer Linux semineri, sonraki haftalarda salı 13-16 arasında ise bash komutlarını hızlıca geçerek sistem yönetimine dair kurs verecek. Linux temellerinden ziyade yönetimine dair olacakmış. Kursun hazirana kadar, belki daha da uzun sürmesi bekleniyor. Kurs Kadir Has Üniversitesi’nde olacak. Salonu hatırlamıyorum ancak D Bloktan girince camda afişleri görürsünüz zaten.