We, researchers have pain while writing papers, especially placing figures, giving citations… Most of the Computer Science researchers use LaTeX for writing their papers. Since paper writing is not a short process, combining citations from various sources, in time, may lead to long citation lists which are not sorted. It takes too long to sort them if they are more than 3 elements. Below is an example citation code and output:

\cite{CC00,XL2007,DA06,PBZW06,AH06,BIB03,KBCG03,TSS02,BCKY02,GLD00,bhatta09,teng06}.

[16, 40, 17, 46, 1, 9, 37, 54, 8, 23, 11, 55].

To overcome this problem, I write a PyQt4 program: CiteSorter. You can give your bibitem and number list and get the sorted bibitems to give correct result.

AH06, BCKY02, BIB03, bhatta09, CC00, DA06, GLD00, KBCG03, XL2007, PBZW06, TSS02, teng06

Makale yazarken verdiğiniz referansların sırasız bir şekilde listelendiğini gördüğünüzde LaTeX kodunuzdaki referans sıralamasını değiştirmeniz gerekir ancak bu zaman alıcı bir iştir. Hazırladığım bu PyQt4 programı (CiteSorter) ile latex referans kodlarınızı, çıkan sayı sıralamasını (PDF’ten seçip kopyalayarak) programa verdiğinizde size doğru kod sıralamasını verecek, hafızaya kaydedecektir. Size de latex kodunuza yapıştırmak kalacak. Umarım birçok araştırmacının işine yarar.

Doktorada 5. haftayı tamamladım. Aldığım derslerde değişiklikler oldu. Çok ağır geldiği için Bayesian Statistics dersini, lisansta gördüğüm konuları işlediği için de Bioinformatics dersini bıraktım. Yerine Yapay Zeka dersi aldım. Şu anda 3 dersim var: Complex Networks, Social & Semantic Web, Artificial Intelligence. Bir de Pattern Recognition’a misafir olarak girmekteyim elimden geldiğince.

Dersler çok yoğun. Hiç olmadığım kadar yoğunum. Baş ağrısı çekmeyen ben, baş ağrıları geçmez kişi oldum.

Complex Networks dersinde her hafta ortalama 30 sayfa makale verilmekte. Her hafta bir kişi 2 saat boyunca bu makaleyi anlatmakta. Diğerleri de makaleden en az 3 soru çıkarmakta. Sorular “şöyle olsaydı nasıl olurdu, neden böyle değil?” tarzında düşündürücü sorular olmalı. Dersin bir de projesi var, henüz karar vermedim ne olduğuna.

Social & Semantic Web dersinde her hafta ortalama 30 sayfa makale verilmekte. Geçen hafta 60 sayfa verdi. Önümüzdeki haftalarda da  40-60 civarında görülüyor. Bu makalelerin özetlerini çıkarmamız bekleniyor. Ayrıca her hafta bir günlük yazısı yazıp diğer günlüklere yorum yapmamız, gündemi takip etmemiz de beklenenler arasında.

Artificial Intelligence dersinde sınav ve projeler var. Prolog kullanıyoruz. Biliyormuşuz gibi anlattığı için biraz sıkıntılı vaziyet. İlk projeyi 2 günde yaptım. Düşünün…

Bir yandan da araştırma için Beyin Sinyal Ağları üzerine makaleler okuyorum. Biyomedikal bölümündekilerle ortak çalışma yapmaya çalışıyoruz ancak sinyal işleme ve ağır matematik altyapım olmadığı için ilerleyebilecek miyim bilemiyorum. SoSLab diye bir laboratuvarımız var, pazartesi günleri de seminerler oluyor, ödevleri bitirebilirsem onlara katılıyorum.

Boğaziçi iyi güzel ama ağır. Hocaların felsefesi “öğrenciye yüklenebildiğin kadar yüklen, bir şekilde halleder, geliştirir kendisini.”. Çok yüklenildiğinde işleri baştan savma yapmak zorunda kaldığımızı unutuyorlar tabi. Bir de günde 5 saatimin yolda (ayakta) geçtiğini düşünürsek…

Bu yaz yazamadım siteme. Özetini geçeyim neler oldu. Temmuz ayında tezimi tamamladım sundum ve Kadir Has Üniversitesi’nden mezun oldum. Boğaziçi Üniversitesi’ndeki Doktora programına kabul edildim. Dil yeterliliği için TOEFL iBT sınavına girdim. 108/120 puan aldım ve ertesi günü Almanya’nın TÜBİTAK’ı sayılan, Avrupa 4.sü Max Planck Institüte für Informatik’e doktora mülakatı ve sunumu için gittim. Tüm dünyadan 12 aday seçilmişti. Ben de sunumumu yaptım, hocalarla görüştüm. Ancak ben fazla uygulama yönelimli çalıştığım için midir bilmiyorum red cevabı geldi. Neyse ki Saarbrücken, Frankfurt, Mannheim gibi şehirleri ve Lüksemburg ülkesini görme imkanım oldu 4 günlük ziyaretimde.

Bu ay tek başıma İstanbul-Antalya-Köyceğiz-Dalyan-Marmaris-İncekum-İzmir-İstanbul şeklinde 8 günlük bir tur yaptım. Tatil için tam zamanıymış. Fiyatlar ucuzlamış, okullar başlıyorken pek bir güzel oldu Arkadaş olsaydı daha güzel olacaktı ama bulamadım kimse.

Tatil dönüşü ders kaydımı yaptım. Görünüşe göre Complex Networks, Social & Semantic Web, Bioinformatics, Bayesian Statistics & Machine Learning derslerini alacağım. Ama değişiklik olabilir. Daha ilk günden bir sürü ödev verdiler :/ Neyse ki zevkli konular… Boğaziçi’de olmak çok ilginç bir duygu. Önceki okullarımdan çok daha ağır olacak gibi geliyor. Araştırma konumu belirlemedik ama yakında bir şeyler çıkar umarım.

Merak edenler için, okuldan atılmak kalktığı için artık öğrenci alımlarında çok daha titiz davranıyorlar. Eğer bir işte çalışıyorsanız çalışmalarınıza gereken vakti ayıramayacağınız için kabul edilmeniz bir hayli zor olacak.

Tez yazma sürecinde birçok resim bulmam gerekti. Bunların bazılarını makale ve kitaplardan bulduysam da bazılarını internet sitelerinden almak zorunda kaldım. Makale ve kitaplara referans verirken hazır bibtex formatlarını kullanıyorum ancak sitelerden aldığım resimler için bibtex kodunu kendim yazmam gerekiyordu. Ben de bir kod yazdım ve bu işi otomatik hale getirdim. Programa resim URL’ini veriyoruz, o resmi indiriyor, gerekli bilgileri sorup bibtex kaydını bib dosyasının sonuna ekliyor, Latex figürünü de ekrana basıyor. Bize de latex koduna yapıştırması kalıyor. Oldukça kullanışlı oldu. Vakit darlığından dolayı kod karışık oldu biraz ama işi görüyor şu haliyle.

emre@physics Thesis $ python pull.py
Enter the URL: http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Enter the key (default: 220_04_113): protein_structure
Directory (default: introduction):
Downloading http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Figure label (default: protein_structure-figure):
Description:Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids.

@MISC{protein_structure,
howpublished = {\url{http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png}}
}

\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.5]{images/introduction/220_04_113.png}
\centering\caption{Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids. \cite{protein_structure}}
\label{Flo:protein_structure-figure}
\end{figure}

Bugünlerde tez yazıyorum ve kullandığım yazım aracı LaTeX. LaTeX birçok konuda kolaylık sağlıyor, özellikle referans sistemi konusunda. ancak referans verecek olduğum zaman o referansa ait Bibtex bilgilerini bulup eklemem gerekiyor. Bunun için hocalarımdan aldığım öneri Google’da veya bir veritabanı motorunda makaleyi aratıp Citation kısmından Bibtexe tıklayarak gerekli bilgiyi almak. Bu her zaman kolay olmuyor ve referans vermek bir hayli baş belası olabiliyor. Bugün karşılaştığım güzel bir motor bu işi baya bir kolaylaştırıyor. Makale ismini aratınca doğrudan Bibtex linki çıkıyor. Hatta bunun için bir Firefox arama eklentisi yapmışlar. Bir hayli işime yarayacağa benziyor. Şuradan birkaç alternatife de ulaşabilirsiniz.